Schulerhalter der Neulandschulen und -bildungseinrichtungen ist das Institut Neulandschulen.
Es wurde 1976 vom damaligen Erzbischof von Wien, Kardinal Franz König, als kirchliche juristische Person gegründet und hat durch das Konkordat zwischen dem Heiligen Stuhl und der Republik Österreich auch im staatlichen österreichischen Recht Rechtspersönlichkeit. Kardinal König war der Neuland-Bewegung persönlich sehr verbunden und hat mit dem Institut Neulandschulen wohl das dauerhafteste Vermächtnis des Bundes Neuland in Österreich geschaffen („Dass wir selber neues Land sein sollen“, Die Furche, April 2017).
Das Institut hat den ausschließlichen Zweck, die katholischen Schulen, Schülerheime und Kindergärten, die bis zur Gründung des Instituts vom Verein Neulandschulsiedlung betrieben wurden, zu führen und den Gründungsgedanken des Vereins Neulandschulsiedlung fortzusetzen.
Entscheidungsorgan des Instituts ist das Kuratorium, das sich aus Vertreterinnen und Vertretern der Erzdiözese Wien und des Vereins Neulandschulsiedlung sowie dem Rektor und seiner Stellvertretung zusammensetzt. Das Institut wird vom Rektor geleitet, zur Betrauung mit den laufenden Aufgaben kann eine Geschäftsführung bestellt werden.
Nach der Gründung des Instituts durch Kardinal König haben bedeutende Vertreter der österreichischen Kirchengeschichte nach 1945 das Amt des Rektors bekleidet. Auf Erzbischof-Koadjutor Franz Jachym folgte 1984 der Wiener Weihbischof Helmut Krätzl, der den Neulandschulen bis zu seinem Tod 2023 verbunden blieb. 2022 hat der Erzbischof von Wien, Kardinal Christoph Schönborn, Paul Frey zum Rektor bestellt. Zu seiner Stellvertreterin wurde die Präsidentin des Vereins Neulandschulsiedlung, Christina Svacinka, berufen. Geschäftsführer des Instituts ist seit Herbst 2023 Klemens Riegler-Picker. Zu dritt bilden sie die Institutsleitung des Instituts Neulandschulen.